La formation initiale des restaurateurs intègre l’initiation à la recherche et la pratique de celle-ci durant les cinq années aboutissant à l’obtention du diplôme de master. En troisième année, les élèves travaillent en groupe, mélangeant les spécialités, pour traduire sous forme de plan d’expérience une question de pratique d’atelier (module PEEX). Ce travail donne lieu à la rédaction d’un article scientifique qui est publié sur le carnet de recherche (lien vers PEEX du carnet). En cinquième année, année de mémoire, une partie du travail est consacrée au protocole scientifique. Ce protocole permet de répondre scientifiquement à une question soulevée par l’objet d’étude et son projet de conservation restauration (lien vers les mémoires). L’implication de plus en plus forte des ateliers dans des projets de recherche est également un élément important de la formation à la recherche. 

Les élèves conservateurs lauréats du concours de l’institut débutent leur formation en ayant au minimum, dans presque tous les cas, un diplôme de master. Plusieurs sont docteurs, et un nombre non négligeable est titulaire de deux masters ou d’un master et d’une thèse de l’École des chartes.
Le programme de formation de l’institut tient compte de ce niveau de formation initiale élevé et permet aux élèves, tout en suivant la formation d’application, de poursuivre leur développement scientifique personnel, en les préparant aux missions d’expertise qui seront les leurs dans l’exercice de leur vie professionnelle. Sur le temps des enseignements, une journée hebdomadaire est consacrée aux activités de recherche.